На месте, где ранее находилась ханака Улугбека, представлявшая в XVII в. громадную руину, правитель Самарканда Ялангтуш-бий начал строить большое медресе, позднее именовавшееся Шердор («здание со львами»), с изображением фантастических зверей кошачьей породы и серны на портале. Здание строилось почти 17 лет (1619-1635/36 гг.). Строителем этого медресе был зодчий Абдул Джаббар.
Это здание – полное подражание находящемуся напротив медресе Улугбека, но в искаженных пропорциях. За два века, истекших со времени постройки медресе Улугбека, на Регистане скопился значительный, толщиной около 2 м, культурный слой и здание медресе Улугбека как бы вросло в землю и приобрело уже тогда искаженные пропорции.
После установления советской власти начались ремонт и реставрация медресе Шердор. В этой сложной работе участвовали узбекские народные мастера, которые производили разборку и кладку свода по древним традициям, без кружал. Работа была закончена в 1925 г.